들어가며: 왜 지금 마크로젠을 다시 보냐고요?
요즘 코스닥에서 헬스케어 쪽이 다시 꿈틀거릴 때가 있죠. 뉴스 한 줄에 급등했다가, 또 한 줄에 급락하는 게 이 바닥입니다. 그런데 그런 소음 속에서도 조용히 숫자가 바뀌는 회사가 있어요. 오늘은 그 중에서 마크로젠 주가전망을 제 방식대로, 최대한 현실적으로 풀어보려고 합니다.
마크로젠은 ‘유전체’ 하면 떠오르는 대표 이름 중 하나인데, 주가만 놓고 보면 한동안 존재감이 좀 약했습니다. 최근 기준으로 시가총액이 1,800억원대, 주가는 1만7천원대에서 움직이는 구간이 있었고(52주 범위로 보면 1만4천원대~1만8천원대), “왜 이렇게 저평가 같지?”라는 말이 자주 나왔죠. 이런 종목을 볼 때 개인 투자자 입장에서는 늘 비슷한 고민이 생깁니다.
“이거 기술은 좋아 보이는데, 도대체 돈은 언제 버는 거야?”
이 질문에 답이 보이기 시작할 때가 주가 흐름이 바뀌는 구간이더라고요. 저는 그런 시점을 ‘저평가 구간’이라고 부르는데, 지금 마크로젠이 딱 그 경계선에 서 있는 느낌입니다.
마크로젠, 뭐 하는 회사인지부터 짧게 정리
마크로젠은 유전체 분석 서비스를 기반으로 한 회사입니다. 쉽게 말하면 DNA를 읽고, 그 데이터를 해석해서 연구나 의료, 진단, 개인 건강관리로 연결하는 사업을 합니다. 사업부를 나누면 NGS(차세대 염기서열 분석), CES 분석, 게놈 응용, 임상진단 같은 영역이 있고요.
매출 구조를 보면 아직은 ‘서비스’ 성격이 강합니다. 최근 기준으로는 NGS 비중이 가장 크고(대략 60%대), CES가 그 다음으로 의미 있게 자리 잡아 있습니다(20%대). 국내 NGS 시장에서는 점유율이 상당히 높은 편으로 알려져 있는데, 2024년 연구자 시장 기준으로 점유율이 60% 후반대로 제시되는 자료도 봤습니다. 이런 “시장 1위” 타이틀이 그냥 홍보 문구가 아니라 물량을 끌어오는 힘이 될 수 있느냐가 관건입니다.
참고로 지역별 매출을 보면 국내 비중이 40% 안팎, 유럽과 일본 비중이 각각 10%대, 나머지가 기타 지역으로 넓게 분산된 형태로 나옵니다. 이 말은 한편으로는 “국내 규제/정책 영향”을 크게 받는다는 뜻이기도 하고, 다른 한편으로는 “해외 데이터/고객이 들어올 창구가 있다”는 뜻이기도 합니다.
여기서 투자 포인트가 하나 나옵니다.
이런 서비스형 비즈니스는 고정비가 크고, 처리 물량이 늘면 늘수록 단위당 비용이 내려가면서 수익성이 좋아질 수 있어요. 반대로 물량이 안 늘면 계속 힘들죠. 그래서 결국 관건은 ‘물량’과 ‘원가’입니다.
숫자로 보는 2026년: 흑자 체질 전환이 핵심
제가 마크로젠 주가전망을 볼 때 가장 먼저 보는 건 화려한 스토리보다 손익계산서의 변화입니다.
마크로젠은 2024년까지 영업적자가 이어졌고(2024년 영업이익 -65억원 수준), 2025년에는 거의 손익분기점에 가까운 흐름(영업이익 0에 수렴), 그리고 2026년에는 영업이익이 확실히 플러스로 전환되는 그림이 제시되어 있습니다. 매출은 2025년 약 1,950억원에서 2026년 약 2,411억원으로 점프하고, 영업이익도 2026년 124억원 정도로 올라오는 구조예요(영업이익률 약 5%대). 2027년까지 보면 영업이익이 200억원대 중후반까지 확대되는 전망도 같이 붙어 있습니다.
이게 그냥 숫자 장난이 아니라면, 회사 체질이 바뀌는 겁니다. 표현 그대로 흑자 체질 전환이죠.
‘흑자 체질 전환’이라는 말을 가볍게 쓰면 안 됩니다. 주식시장에서 흑자 전환은 단순히 “적자에서 흑자 됐대요”가 아니라, 회사가 생존 모드에서 성장 모드로 넘어가는 분기점이 될 때가 많거든요. 물론 흑자가 한두 분기 나오고 다시 꺾이는 경우도 많아서, 저는 항상 “지속 가능하냐”를 따집니다.
그런데 마크로젠은 구조적으로 물량이 늘면 마진이 개선되는 사업 특성이 있고, 원가 환경도 우호적으로 움직일 수 있다는 점이 같이 보입니다. 이 조합이 흑자 체질 전환의 설득력을 높여줘요.
국가 프로젝트 물량이 왜 중요한가: 물량이 곧 레버리지
마크로젠 쪽에서 눈에 띄는 키워드가 국가 단위 바이오 빅데이터 프로젝트입니다. 이런 프로젝트는 한 번 따내면 단발성이 아니라 기간을 두고 물량이 쌓이는 경우가 많아요. 무엇보다 예측 가능한 수요가 생기죠.
예를 들어 국가통합바이오빅데이터구축사업 같은 과제는 1차, 2차, 3차로 나뉘어 기간이 잡혀 있고, 전체 총사업비가 410억원대(부가세 포함)로 제시됩니다. 그 중 마크로젠이 수행하는 사업비가 합산 190억원대 수준으로 잡혀 있는 구간이 있고요. 이게 “언제 매출로 잡히는지”는 집행 시점에 따라 달라질 수 있어서 저는 정확한 분기 매출 인식은 공시로 확인하는 편입니다. 다만 큰 방향성, 즉 물량이 늘어나는 흐름 자체는 체크 포인트로 충분히 의미가 있습니다.
유전체 분석은 장비, 인력, 품질관리, 데이터 처리 등에서 기본 고정비가 들어가니까요. 물량이 늘면 가동률이 올라가고, 단위당 고정비가 내려가면서 영업 레버리지가 생깁니다. 저는 이런 구간을 볼 때 “매출 증가율”보다 “가동률 상승으로 인한 마진 개선”을 더 크게 봅니다.
여기서 ‘저평가 구간’이라는 말을 다시 꺼내게 됩니다.
시장은 보통 결과가 숫자로 찍히기 전까지는 냉정합니다. 하지만 물량이 쌓이고, 흑자 체질 전환이 보이면 그때부터는 밸류에이션의 기준 자체가 달라질 수 있어요. 그래서 저는 이런 국면을 “저평가 구간에서 반격이 가능한 구간”이라고 봅니다.
원가 환경: 시퀀싱 단가 하락이 서비스 사업자에게 유리한 이유
유전체 분석 사업에서 또 하나 중요한 게 원가입니다. 장비 제조사 간 경쟁이 심해지고, 새로운 플랫폼이 등장하면 장비 가격이나 시퀀싱 단가가 내려갈 수밖에 없어요. 이게 장비를 파는 회사에는 부담일 수 있지만, 서비스를 제공하는 회사에는 원가 하락 요인이 됩니다.
요즘 유전체 분석 업계에서 Cost per Genome이 내려가고 있다는 얘기는 워낙 자주 나오죠. 최근에는 “현재 한 사람의 전체 유전체를 읽는 비용이 대략 500달러 수준에서 200달러 수준까지 더 낮아질 수 있다”는 식의 전망도 보입니다. 중요한 건 이 흐름이 실제로 서비스 업체의 수익성으로 연결되느냐인데, 마크로젠은 공정 자동화나 운영 효율화를 같이 밀어붙이는 모습이 보입니다. 같은 원가 하락 환경에서도 현장 운영이 안 받쳐주면 이익으로 못 남습니다.
그래서 저는 단순히 단가 하락 뉴스보다, 분기마다 매출총이익률이 어떻게 변하는지, 판관비가 어떻게 통제되는지를 같이 봅니다. 2026년 흑자 체질 전환이 진짜가 되려면, 숫자가 그걸 증명해야 하거든요.
데이터 AI 플랫폼: 유전체 분석 회사가 데이터 회사로 바뀔 때 생기는 것
마크로젠을 단순 유전체 분석 업체로만 보면, 주가가 생각보다 빨리 못 갈 수도 있습니다. 왜냐하면 시장이 요구하는 건 규모와 플랫폼이니까요.
그래서 저는 마크로젠의 다음 단계가 데이터 AI 플랫폼 쪽인지 계속 체크합니다. 유전체 데이터는 한 번 쌓이면 끝이 아니라, 계속 학습되고 확장될 수 있는 자산이거든요. 특히 개인 건강관리 쪽으로 연결되면, 단순 검사에서 끝나는 게 아니라 반복적인 서비스로 이어질 가능성이 커집니다.
검사 결과를 생활 데이터(라이프로그)와 연결해 개인 맞춤형 인사이트를 주는 구조는 사용자가 “한 번 하고 끝”이 아니라 “주기적으로 관리”로 넘어가게 만들 수 있어요. 해외로는 일본 DTC 채널처럼 데이터 유입 창구를 늘리는 시도가 보이고요. 데이터가 쌓일수록 알고리즘과 서비스 경쟁력이 같이 올라가는 구조라면, 마크로젠 주가전망도 ‘서비스 단가’ 중심에서 ‘데이터 자산 가치’ 중심으로 프레임이 바뀔 수 있습니다.
북미 거점 옵션: 말이 옵션이지, 사실상 성장의 무대
국내 바이오/헬스케어 기업들이 북미를 이야기할 때가 많지만, 실제로는 진입장벽이 높아서 성과 내기가 쉽지 않죠. 그래서 저는 “북미 한다”는 말보다, 현지에서 인증과 레퍼런스를 갖고 있느냐를 먼저 봅니다.
마크로젠은 자회사를 통해 북미 쪽 임상검사 품질 체계를 갖추고 있고(임상검사 인증 체계), 현지 과제 수주 레퍼런스가 쌓이면 고객 기반을 넓힐 가능성이 생깁니다. 이 부분은 단기간에 폭발하는 테마라기보다, 시간이 걸리지만 제대로 자리 잡으면 밸류에이션의 상단을 열어주는 요소라고 봅니다.
참고로 글로벌 시퀀싱 서비스 시장 자체가 커지는 흐름도 같이 봐야 합니다. 몇 년 전 10억 달러대 규모였던 시장이 중장기적으로 40억 달러대까지 확대되는 전망이 나오기도 하거든요. 시장이 커지면 파이 싸움에서 이기는 회사가 더 크게 보상을 받습니다.
밸류에이션 체크: 데이터와 북미 옵션을 갖고도 시총이 작은 이유
여기서 많은 분들이 궁금해하죠.
“그럼 이렇게 좋은 얘기 많은데 왜 주가는 조용했어?”
저는 이유가 두 가지라고 봅니다.
첫째, 시장은 적자를 싫어합니다. 성장 기대감만으로 프리미엄을 받는 구간이 끝나면, 결국 이익이 없는 회사는 할인받아요.
둘째, 헬스케어 업종은 기대가 큰 만큼 실망도 큽니다. 그래서 숫자가 확실히 바뀌기 전까지는 밸류를 낮게 주는 경향이 있어요.
그런데 지금은 상황이 달라질 수 있습니다. 왜냐하면 흑자 체질 전환이 숫자로 제시되기 시작했기 때문입니다. 2026년 기준으로 이익이 안정적으로 잡힌다는 가정 하에 PER이 두 자릿수 중반, 매출 대비 밸류(PSR)가 1배 아래로 해석되는 구간이라면, 시장이 보는 눈이 바뀌는 데 필요한 조건이 갖춰지는 셈이에요. 게다가 현금성 자산이 200억원대 중후반 수준으로 잡혀 있는 자료도 있어서, 밸류 부담이 과하게 크다고 느끼는 사람은 많지 않을 겁니다.
여기서 많은 분들이 “그럼 어디까지 볼 수 있냐”를 묻는데, 저는 목표가를 딱 찍기보다는 ‘가능한 밴드’를 봅니다.
예를 들어 주가가 1만7천원대라고 치면 2만5천원은 대략 40%대 중후반 위(약 45%)예요. 이 정도 업사이드는 흑자 체질 전환이 실제로 확인되고, 시장이 데이터/북미 옵션에 프리미엄을 다시 주기 시작할 때 열리는 범위라고 생각합니다. 반대로 실적이 한 번이라도 꺾이면 이런 밴드는 생각보다 빨리 닫힐 수도 있고요.
이런 때를 저는 다시 ‘저평가 구간’이라고 말하고 싶습니다.
물론 저평가 구간이라고 해서 무조건 올라가는 건 아닙니다. 저평가 구간은 “리스크가 반영되어 있는 가격”일 수도 있거든요. 그래서 리스크 체크가 반드시 필요합니다.
투자할 때 꼭 체크할 리스크 5가지
- 규제 변수
유전체 분석은 규제와 윤리 이슈에 민감합니다. 규제 완화가 호재가 될 수도 있지만, 반대로 강화되면 수요가 늦어질 수 있어요. - 프로젝트 매출의 타이밍
국가 프로젝트는 안정적인 대신, 집행 타이밍이 늦어지거나 분기별 편차가 커질 수 있습니다. 분기 실적이 흔들릴 때 주가도 같이 흔들릴 가능성이 큽니다. - 경쟁 심화와 가격 압박
원가가 내려가는 게 장기적으로는 좋지만, 경쟁이 심해지면 서비스 단가도 내려갈 수 있습니다. 이 경우 매출은 늘어도 마진이 기대만큼 안 나올 수 있어요. - 판관비 증가
데이터 플랫폼, 해외 확장을 하다 보면 사람도 뽑고 마케팅도 해야 합니다. 판관비가 예상보다 빨리 늘면 흑자 체질 전환이 늦어질 수 있습니다. - 자회사 리스크
북미 거점이 옵션인 만큼, 그 과정에서 비용이 더 들거나 성과가 늦어질 수 있습니다. 옵션은 공짜가 아니더라고요.
그래서 나는 이렇게 접근한다: 마크로젠 매매 전략 메모
여기부터는 제 기준입니다. 따라 하라는 얘기가 아니라, 참고용으로만 봐주세요. 투자는 언제나 본인 책임입니다.
- 분기 실적에서 마진이 먼저다
매출 증가 뉴스보다 매출총이익률, 영업이익률이 올라가는지부터 봅니다. 흑자 체질 전환은 결국 마진이 증명합니다. - 물량 관련 공시/뉴스는 계약 규모를 보자
국가 프로젝트, 대형 과제 수주는 “얼마짜리인지”가 중요합니다. 그냥 수주했다는 말만으로는 주가가 오래 못 갑니다. - 가격은 한 번에 사지 않는다
저평가 구간에서 접근할수록 분할이 유리합니다. 특히 헬스케어는 변동성이 크니까요. 저는 보통 2~3번으로 나눠서, 확인이 될 때마다 비중을 키우는 편이 마음이 편합니다. - 목표는 숫자로 정하고, 시나리오를 2개로 나눈다
낙관 시나리오: 흑자 체질 전환이 계획대로 진행되고, 물량이 늘면서 영업 레버리지가 빠르게 붙는 경우
기본 시나리오: 매출은 늘지만 비용도 같이 늘어, 이익 개선이 천천히 진행되는 경우
이렇게 두 가지로 나누면, 시장이 흔들릴 때도 “내가 뭘 보고 들어왔는지”가 유지됩니다.
마무리: 마크로젠은 저평가 구간에서 반격이 가능한가
정리해보면, 마크로젠 주가전망의 핵심은 한 문장으로 끝납니다.
흑자 체질 전환이 ‘가능하다’가 아니라 ‘진행 중인지’ 확인하는 구간이다.
저는 이런 종목을 볼 때 항상 한 가지를 더 봅니다.
시장에 기대감이 붙기 시작하면, 주가는 실적보다 먼저 움직입니다. 반대로 기대가 식어 있으면, 실적이 바뀌어도 한동안 주가가 늦게 따라올 수 있어요. 지금은 후자에 가깝다고 느껴집니다. 그래서 더더욱 저평가 구간이라는 단어가 떠오르는 거고요.
다만, 저평가 구간은 리스크를 같이 끌어안는 자리입니다. 그래서 몰빵보다 확인하면서 키우기가 더 어울리는 구간이라고 생각합니다.
이 글이 마크로젠을 보시는 분들께, 매수/매도보다도 체크 포인트를 정리하는 데 도움이 되었으면 좋겠습니다.